未提出質粒或質粒得率較低：

　　△ 大腸桿菌老化

　　請涂布平板培育后，從頭遴選新菌落停止液體培育。

　　△ 質粒拷貝數低

　　因為低利用低拷貝數載體引發的質粒DNA提取量低，可改換具備不異功效的高拷貝數載體。

　　△ 菌體中無質粒

　　有些質粒自身不能在某些菌種中不變存在，經屢次轉接后有能夠構成質粒喪失。比方，柯斯質粒在大腸桿菌中持久保管不不變，是以不要頻仍轉接，每次接種時應接種單菌落。別的，查抄挑選用抗生素利用濃度是不是準確。

　　△ 堿裂解不充實

　　利用過量菌體培育液，會致使菌體裂解不充實，可削減菌體用量或增添溶液P1、P2和P3的用量。對低拷貝數質粒，提取時，可加倍利用溶液P1、P2和P3，能夠有助于增添質粒提取量和質粒品德。

　　△ 溶液利用不妥

　　溶液P2、P3在溫度較低時能夠呈現混濁，應置于37℃保溫半晌直至消融為清澈的溶液，能力利用。

　　△ 吸附柱過載

　　差別產物中吸附柱吸附能力差別，若是須要提取的質粒量很大，請分屢次提取。若用富集培育基，比方TB 或2×YT，菌液體積必須削減;若質粒或宿主菌長短常高的拷貝數或發展率，則需調劑LB培育液體積。

　　△ 質粒未全數消融(特別質粒較大時)

　　洗脫消融質粒時，可恰當加溫或耽誤消融時候。

　　△ 乙醇殘留

　　漂洗液洗濯后應離心盡能夠去除殘留液體，樹脂型試劑盒漂洗后應晾干樹脂，再插手洗脫緩沖液。

　　△ 洗脫液插手地位不準確

　　洗脫液應加在硅膠膜中間部位以確保洗脫液會完全籠蓋硅膠膜的外表到達最大洗脫效力。

　　△ 洗脫液分歧適

　　DNA只在低鹽溶液中能力被洗脫，如洗脫緩沖液EB (10 mM Tris·Cl, pH 8.5)或水。洗脫效力取決于pH值。最大洗脫效力在pH7.0-8.5間。當用水洗脫時確保其pH值在此規模內，若是pH太低能夠致使洗脫量低。洗脫時將滅菌蒸餾水或洗脫緩沖液加熱至60℃后利用有益于進步洗脫效力。

　　△ 洗脫體積太小

　　洗脫體積對收受接管率有必然影響。跟著洗脫體積的增大收受接管率增高，但產物濃度下降。為了獲得較高的收受接管率能夠增大洗脫體積。

　　△ 洗脫時候太短

　　洗脫時候對收受接管率也會有必然影響。洗脫時安排一分鐘可到達較好的結果。

　　■ 質粒純度不高：

　　△ 混有卵白

　　不要利用過量菌體。溶液P1、P2、P3處置并離心后溶液應為廓清的，若是還混有細小卵白懸浮物，可再次離心去除后再停止下一步驟。

　　△ 混有RNA

　　RNase A處置不完全，請削減菌體用量或插手溶液P3以后室溫安排一段時候。若是溶液P1已保管6個月以上，請在溶液P1中增添RNase A。

　　△ 混有基因組DNA

　　插手溶液P2和P3后應暖和混勻，若是猛烈振蕩，能夠把基因組DNA剪切成碎片從而稠濁在質粒中。若是插手溶液P2后過于黏稠，沒法暖和混勻，請削減菌體用量。細菌培育時候太長會致使細胞和DNA的降解，不要跨越16 小時。

　　△ P3溶液插手時候太長

　　P3溶液插手后，安排時候不要太長，不然有能夠會發生小片斷DNA凈化。

　　△ 含大批核酸酶的宿主菌

　　宿主菌含大批核酸酶，在質粒提取進程中降解質粒DNA，影響提取質粒DNA的完全性，最好選用不含核酸酶的大腸桿菌宿主菌，如DH5α和Top10。

　　△ 裂解時候太長

　　插手溶液P2后裂解時候不應跨越5分鐘。

　　△ 質粒的二聚體和多聚體形式

　　質粒復制進程中構成的，與宿主菌相干，電泳可檢測出。