和光學元件光學顯微鏡及散發出電鏡比較，打印機掃描電鏡享有下面優點：

(一) 能夠或許間接察看樣品外表的布局，樣品的尺寸可大至120mm×80mm×50mm。

(二) 樣品制備進程簡略，不必切成薄片。

(三) 樣品能夠在樣品室中作三度空間的平移和扭轉，是以，能夠從各類角度對樣品停止察看。

(四) 景深大，圖像富有平面感。掃描電鏡的景深較光學顯微鏡大幾百倍，比透射電鏡大幾十倍。

(五) 圖像的縮小規模廣，分辯率也比擬高。可縮小十幾倍到幾十萬倍，它根基上包含了從縮小鏡、光學顯微鏡直到透射電鏡的縮小規模。分辯率介于光學顯微鏡與透射電鏡之間，可達3nm。

(六) 電子束對樣品的毀傷與凈化水平較小。

(七) 在察看描摹的同時，還可操縱從樣品收回的其余旌旗燈號作微區成份闡發。