①PCR菌種判定法。用各類分枝桿菌特同性引物對標本DNA停止一系列PCR擴增或多重PCR擴增，按照擴增產品所產生的特同性片斷停止判定;或先用分枝桿菌屬特異的外部引物擴增，而后再用菌種特異的外部引物停止巢氏擴增判定。該法活絡、疾速，但今朝可以或許或許判定的菌種尚未幾，首要有MT、牛分枝桿菌、MT復合群、鳥分枝桿菌、副結核分枝桿菌和麻風分枝桿菌。

　　②PCR-間接測序判定法。用分枝桿菌屬特異的引物對標本的16SrRNA或65ku抗原基因停止PCR擴增，而后間接測定擴增產品的核苷酸序列，比擬其核苷酸的差別來判定菌種。但該體例沒法辨別多數分枝桿菌，并且手藝請求高，需高貴的特別儀器，而難以推行。

　　③PCR-DNA探針判定法：用分枝桿菌屬特異的引物對標本平分枝桿菌16S或16S一23SrDNA停止擴增，而后與各類分枝桿菌特異的寡核苷酸探針停止反向雀斑雜交或微孔板反向雜交判定菌種。該法較活絡、疾速，但今朝只能判定局部菌種。

　　④PCR-限定性片斷長度多態性(PCR-RFLP)判定法。PCR-RFLP菌種判定法因此分枝桿菌屬特同性引物對標本平分枝桿菌6Sku卵白編碼基因、16S或16-23SrDNA停止擴增，而后用差別的限定性內切酶消化擴增片斷，經由過程電泳闡發酶切圖譜來判定菌種。今朝只能判定局部菌種，反復性還不夠抱負。

　　祖燕、張國龍等以DR為根本的Spoligo typing DNA指紋體例參照“SPOLIGO TYPlNG”一書。分解43種特異的DR距離區短核苷酸序列，并將它們順次按挨次固化于Bio-dyneC膜(PallBiosupport公司)上，普通按膜巨細固化數十排，以便可以或許同時實現多個臨床標本的Spoligotyping判定任務。而后用新穎配制的16%的EDAC(Sigma公司)溶液激活固化好的生物膜，將生物膜裝配于Miniblotter MN45中待用。

　　PCR擴增結核分枝桿菌基因組DNA上的反復元件DR之間的序列，引物為

　　DRa：5’-GGTTTTGGGTCTGACGAC-3’

　　DRb：5’-CCGAGAGGGGACGGAAAC-3’

　　且DRa 5’結尾標記有生物素。將PCR產品置于牢固在MiniblotterMN45中的BiodyneC膜上，加強化學發光試劑盒使之雜交、顯色，成果即為結核分枝桿菌Spoligotyping的DNA指紋圖譜。

　　⑤PCR-單鏈構象多態性闡發(PCR SSCP)開端菌種判定法。PCR-SSCP手藝是今朝最廣泛操縱的一種按照單鏈DNA構象差別疾速、活絡地檢測基因變異的體例。因為16SrRNA 123～275位核苷酸是分枝桿菌屬高度變異的地區，差別種分枝桿菌DNA單鏈的空間構象差別，電泳后片斷的遷徙率也就差別，從而顯現出差別的圖譜，終究成立了新的PCR-SSCP分枝桿菌份子菌種判定體例。操縱該體例可以或許或許辨別MT復合群和NTM，NTM菌種之間的辨別尚在研討當中。

　　⑥PCR-基因芯片判定法。基因芯片手藝是指將大批核酸份子以事后設想的體例牢固在載體上，檢測帶標記的待測樣品DNA，是一種大范圍闡發遺傳差別的新體例。今朝多數嘗試室操縱分枝桿菌16S rRNA或rpoB基因某些地位上的分枝桿菌屬或種特異的核苷酸變更，研討經由過程雜交測序判定分枝桿菌菌種。